L'EPFL participera au Human Cell Atlas
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Pour leur premier investissement à l'EPFL, la Chan Zuckerberg Initiative (CZI) et DAF, un fonds de dotation de la Silicon Valley Community Foundation, ont octroyé une bourse de recherche au laboratoire de Bart Deplancke, à l’EPFL, pour soutenir le développement d'une plateforme en ligne visant à analyser le transcriptome des cellules individuelles. Forte de cette bourse, la plate-forme de génétique rejoint le réseau ouvert d'outils informatiques destiné au projet Human Cell Atlas (HCA) de Chan Zuckerberg.
«Le pipeline automatisé d'analyse des cellules individuelles est un outil logiciel qui stimule le travail interdisciplinaire, dans la mesure où il permet à des laboratoires non-experts de s'engager dans une recherche génomique de haut niveau qui. Sans cela, une expertise informatique importante serait indispensable», explique Bart Deplancke, directeur de laboratoire à l'Institut de bio-ingénierie de l'EPFL. «La plate-forme donne à des scientifiques de différents domaines la possibilité d'interagir, d'interpréter collectivement des données, et de formuler des hypothèses novatrices. C'est tout à fait conforme à la mission de la Faculté des sciences de la vie de l'EPFL, qui vise à promouvoir la recherche biologique quantitative et analytique, et la formation. Nous sommes heureux que la Chan Zuckerberg Initiative reconnaisse les efforts de notre faculté pour encourager des études interdisciplinaires et orientées sur l'ingénierie, et nous nous réjouissons de travailler avec nos collègues dans le monde entier.»
Priscilla Chan, docteur en médecine et co-fondatrice de la Chan Zuckerberg Initiative (CZI) déclare : «je suis heureuse d'accueillir ce groupe distingué de boursiers dans la famille CZI, et je me réjouis de la manière dont ils soutiendront l'ambitieux effort du Human Cell Atlas. En collaboration avec notre équipe de scientifiques et d'ingénieurs, ces partenaires créeront pour les scientifiques de nouvelles manières d'utiliser l'information sur les cellules saines et malades. Leurs efforts permettront d'accélérer la marche vers notre but: guérir, prévenir ou gérer toutes les maladies d'ici la fin du siècle.»
«Nous nous réjouissons de nous mettre au travail sur ces projets prometteurs avec de nouveaux partenaires de toute la planète. Parmi ces bénéficiaires, il y a des spécialistes en biologie expérimentale, en ingénierie et en biologie informatique. Leur permettre de collaborer et de mettre leurs différentes approches au travail est au cœur de notre approche d'une science biomédicale en marche», a ajouté Cori Bargmann, responsable scientifique pour la Chan Zuckerberg Initiative.
Le Human Cell Atlas (HCA) est un effort international qui a pour but de cartographier chaque type de cellule dans le corps humain en bonne santé, et qui constituera une documentation pour des études aussi bien sur la santé que sur la maladie. Le HCA vise à révolutionner la compréhension de l'anatomie humaine et de la biologie de la cellule, et offrira aux scientifiques une ressource fondamentale pour mieux comprendre comment fonctionnent les cellules saines, et ce qui tourne mal lorsque la maladie frappe. En plus de la CZI, le HCA bénéficie du soutien de piliers de la recherche biologique moderne tels que le Wellcome Trust, le European Bioinformatics Institute (EBI), le Broad Institute, le Sanger Institute, et UC Santa Cruz.
L'une des pierres angulaires du HCA est l'analyse du transcriptome, un terme qui fait référence à toutes les molécules d'ARN messager exprimées par les gènes d'un organisme pour représenter toutes les protéines qu'il produit. L'analyse du transcriptome de cellules individuelles requiert une expertise bio-informatique approfondie, ce qui rend cette approche inaccessible à de nombreux groupes de recherche.
Pour faire face à ces limites, Vincent Gardeux, post-doctorant au laboratoire de Bart Deplancke, et Fabrice David, de la Gene Expression Core Facility de l'EPFL, ont développé un «pipeline d'analyse des cellules individuelles automatisé» (ASAP). Cette plate-forme en ligne permet aux scientifiques d'analyser leurs propres données et de comparer les algorithmes utilisés pour étudier les transcriptomes. ASAP est aussi capable de détecter l'expression différentielle des gènes et le groupement de gènes, de produire des cartes thermiques et d'analyser l'enrichissement fonctionnel pour identifier et caractériser des amas de cellules inédits ou des types de cellules spécifiques. ASAP a déjà attiré un nombre significatif d'utilisateurs.
A propos de la Chan Zuckerberg Initiative
La Chan Zuckerberg Initiative a été lancée en décembre 2015 par Mark Zuckerberg, fondateur et CEO de Facebook, et Priscilla Chan, pédiatre, fondatrice et CEO de The Primary School à East Palo Alto. La Chan Zuckerberg Initiative représente une forme nouvelle de philanthropie, qui vise à susciter un changement d'échelle. En associant ingénierie de classe mondiale et octroi de subventions, investissement social, travail de synthèse et de sensibilisation, la CZI espère construire un avenir pour chacun. Parmi les domaines prioritaires, il y a le soutien à la science à travers la recherche biomédicale de base, et la formation par des études personnalisées. La CZI explore également des pistes pour réduire les obstacles à la justice et à la possibilité de réussir – de la réforme de la justice criminelle à un accès facilité aux débouchés économiques et à un logement abordable.
A propos de l'image
Microscopie à fluorescence confocale montrant des cellules souches adipeuses humaines différenciées en adipocytes in vitro. Les goutelettes lipidiques sont colorées en vert par Bodipy et les noyaux en bleu par Hoechst. (EPFL / Laboratory of Systems Biology & Genetics / Magda Zachara.)